Lo prometido es deuda. Les traigo la configuración para conectar uno de los clientes en Linux a una cuenta de Skype for Business Online (O365)
El nombre del cliente es Pidgin.
Para instalarlo debemos ingresar al shell y ejecutar lo siguiente.
sudo apt-get install pidgin-sipe
Esperamos a que termine de instalar.
Abrimos el cliente de Pidgin y le damos en agregar una cuenta.
En la pestaña Advanced agregamos la siguiente información
NOTA: El agente usado fue UCCAPI/15.0.4420.1017 OC/15.0.4420.1017 
Después de esto agregar en la pestaña Basic la información de inicio de sesión de SfB Online, y seleccionar como protocolo Office Communicator.
Si después de esto aun no les permite iniciar sesión ejecutar los siguientes comandos.
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install checkinstall
Reiniciar pidgin e iniciará sesión sin problema.
Lamentablemente solo tenemos mensajería con Pidgin.
Tenemos las funciones básicas de Presencia y Mensajería.
Podemos cambiar nuestro estado de presencia
Podemos cambiar nuestro mensaje
Podemos tener comunicación por IM con otros usuarios
Podemos ver nuestra lista de contactos.
En resumen si tenemos la necesidad o preferencia de trabajar sobre un equipo con Linux como SO, y solamente necesitamos conectarnos a nuestro SfB para IM, este cliente es una opción. Si necesitamos las demás características necesitamos hacerlo con el cliente Sky. Mas adelante publicare sobre el.
Espero les sea de ayuda.